Управление Росгвардии по Республике Карелия включает в свою структуру и состоит из следующих подразделений:

1. Управление территориального органа.
Центр Лицензионно-Разрешительной Работы
Отделение Государственного Контроля
Группа исполнения административного законодательства
2. Отряд мобильный особого назначения.
3. Специальный отряд быстрого реагирования.
4. Отделение лицензионно-разрешительной работы (по городу Петрозаводску, Прионежскому, Пряжинскому, Кондопожскому и Олонецкому районам).
5. Отделение лицензионно-разрешительной работы (по Кемскому, Калевальскому, Лоухскому, Беломорскому и Костомукшскому районам).
   
6. Отделение лицензионно-разрешительной работы (по Медвежьегорскому, Пудожскому, Сегежскому и Муезерскому районам).
7. Отделение лицензионно-разрешительной работы (Сортавальскому, Лахденпохскому, Питкярантскому и Суоярвскому районам).
8. Подразделения обеспечения.

Также в состав Управления Росгвардии по Республике Карелия входит Федеральное Государственное Казенное Учреждение "Отдел Вневедомственной Охраны войск национальной гвардии России по Республике Карелия"